DĚKANSKÝ KOSTEL SV. JILJÍ A PANNY MARIE KRÁLOVNY
Děkanský kostel sv. Jiljí se připomíná jako farní již roku 1280. Při založení kláštera augustiniánů v roce 1367 se stal kostelem klášterním a s jeho přestavbou se začalo současně jako se stavbou kláštera. Presbytář kostela byl dokončen asi v roce 1380 a dvoulodí sklenuto v následujících letech.Vnější neobvyklá podoba kostela jen málo vypovídá o vnitřním prostoru dvoulodí otevírajícím se na východě vysokým, bohatě profilovaným lomeným obloukem do poměrně širokého presbyteria o dvou polích a závěru, které bylo koncem 18. století zbarokizováno. V podélné ose soulodí se zdvíhají čtyři štíhlé sloupy, z nichž vybíhají žebra klenby, usazené v obvodních stěnách na jemných, vysoko umístěných konzolách. Tímto rozdělením vzniklo pět párů klenebních polí. Stěny presbyteria i soulodí jsou na vnější straně, obrácené do ulice, členěny jednoduchými pilíři a pravidelně mezi nimi rozloženými vysokými dvoudílnými a třídílnými okny s bohatým kružbovím. Jen západní pole lodi mělo místo oken růžici, dnes částečně zakrytou pozdější přístavbou. Uprostřed jižní stěny lodi je lomený, bohatě profilovaný portál. Hranolová věž v ose západního průčelí má ve své západní stěně vchod s lomeným obloukem a v prvém a druhém patře okénka.
Po dokončení stavby byl klášterní kostel vybaven zařízením vysoké umělecké hodnoty. Desky z hlavního oltáře, dílo tzv. Mistra třeboňského oltáře, náleží k vrcholným dílům české gotické malby z poslední čtvrtiny 14. století. Dále to byly dvě pozoruhodné plastiky ze skupiny Kalvárie a opuková socha Madony z doby kolem 1400, která z uvedených děl jediná zůstala umístěna v kostele. Při požáru města v roce 1781 padající krov nad kněžištěm pobořil jeho původní gotickou klenbu a kněžiště bylo poté zaklenuto barokní valenou klenbou. Vnitřní zařízení kostela naštěstí požárem mnoho neutrpělo. Při generální opravě kláštera i chrámu v letech 1897-1903 byla regotizována věž kostela, která byla původně po požáru zakončena barokní bání. Oltáře i většina ostatního zařízení jsou barokní a pocházejí z 1. poloviny 18. století, kazatelna je z roku 1791.
Na stěnách se zachovala malířská výzdoba, pocházející převážně z druhé poloviny 15. století. Na kůru se nachází freska s námětem posledního soudu, u vchodu z kněžiště do sakristie část fresky z přelomu 14. a 15. století, znázorňující příchod prvních řeholníků z Roudnice do Třeboně. Tympanon jižního vchodu do kostela vyplňuje obraz Korunování Panny Marie. Na podlaze v kněžišti jsou náhrobní kameny knížecí a prelátské hrobky. Při východní straně a při jižním portálu kostela jsou umístěny sochy sv. Augustina, sv. Vojtěcha, sv. Jana Nepomuckého a sv. Václava, zhotovené před rokem 1744.
AUGUSTINIÁNSKÝ KLÁŠTER
Kostel sv. Jiljí s vysokou věží dominuje souboru budov někdejšího augustiniánského kláštera, založeného Rožmberky v roce 1367. Klášter poznamenal dějiny města a zařadil se k předním centrům vzdělanosti a umělecké tvorby na českém jihu. Rožmberská nadace byla neobyčejně velkorysá, jmění kanonie však rostlo i obratnou hospodářskou politikou a odkazy. Se stavbou nového konventu se započalo současně se stavbou kostela a v roce 1369 už zřejmě pokročily práce na budování ambitu. Na severní straně kostela byla zbudována i jednopatrová budova konventu čtvercového půdorysu, s křížovou chodbou (foto vpravo dole), uchovanou v téměř neporušené podobě. Každé ze čtyř křídel ochozu má kromě klenebních polí pět polí vlastních. Všechny čtyři stěny obrácené do rajského dvora jsou prolomeny širokými hrotitými arkádami s úzkými parapety. Takto vzniklá okna jsou členěna třemi pruty a jejich závěr je vyplněn bohatou kružbou trojího druhu. Do středu východního křídla křížové chodby se otevírá kaple sv. Jana Evangelisty, náležející k původnímu založení.
Na jižní straně nádvoří, rozkládajícího se před konventem, postavil Petr z Rožmberka dům s kaplí v patře, která svým tělem vybočovala do dvora. Byla zasvěcena sv. Vincenci a je připomínána již v roce 1380. Ostatní budovy na nádvoří kláštera jsou převážně z období nového rozkvětu kláštera v 18. století. Kašna uprostřed nádvoří pochází z konce 17. století. Zrušení kláštera v roce 1785 ukončilo dobu jeho opětného vzestupu.
V blízkém městském parku je umístěna barokní socha sv. Jana Nepomuckého, která byla postavena roku 1723 u zámku v Hamru u Veselí nad Lužnicí a do Třeboně přenesena Schwarzenbergy v roce 1835.