Počátky tohoto půvabného města, rozprostřeného uprostřed rybničnaté roviny, sahají asi do poloviny 12. století, kdy na jedné ze stezek procházejících hlubokým pohraničním hvozdem vznikla malá trhová osada s panským dvorcem, nyní známá pod jménem Třeboň. Skutečnost, že místo museli lidé vytříbit, vyklučit a vymýtit, dala této osadě pravděpodobně i jméno. Celé rozsáhlé území dostal od krále výsluhou první známý člen později rozvětveného rodu Vítkovců, podnikavý Vítek z Prčic. Brzy po svém založení se dostala osada do majetku cisterciáckého kláštera v hornorakouské Světlé (Zwettl). Okolo roku 1250 získali toto území bratři Pelhřim a Ojíř z landštejnské větve Vítkovců zpět. Kolem roku 1300 lze již v Třeboni předpokládat městské opevnění, zesílené zvenčí vodním příkopem. Osada se rychle rozvíjela a roku 1280 se již připomíná kostel sv. Jiljí. Třeboň se stala střediskem rozšiřujícího se panství. K roku 1341 se označuje jako město a od roku 1366 se objevuje i její český název vedle dosud užívaného Witigenowe a Wittingau (Vítkův Luh). V roce 1366 se vlastníky Třeboně a přilehlého panství stali bratři z Rožmberka, za nichž město nabylo na významu a bohatství. Již následujícího roku založili Rožmberkové v Třeboni klášter, roku 1376 udělili městu tzv. právo měst královských a roku 1378 mu od krále Karla IV. vymohli výsadu na dovoz soli. Koncem 14. století se už město opevňovalo zděnými hradbami a příkopem. Toto opevnění spolu se zesíleným hrádkem a s okolním bažinatým terénem vytvářelo z Třeboně téměř nedobytnou pevnost. Tak tomu bylo i v husitských válkách, kdy město odolalo několikerým útokům. Skutečný rozkvět města spadá do druhé poloviny 15. století. Petr IV. z Rožmberka (1462 – 1523) ještě více než jeho předchůdci přihlížel k hospodaření na vlastních statcích a jeho poddaný Štěpánek Netolický založil slávu zdejšího rybníkářství. Stejně významným počinem bylo i zřízení nového panského pivovaru roku 1505.
Největšího rozmachu dosáhla Třeboň v 16. a na počátku 17. století, zejména za vlády posledních dvou Rožmberků, bratří Viléma a Petra Voka z Rožmberka. Velká pozornost byla věnována hospodářskému rozvoji celého panství, zejména však opět rybníkářství a pivovarnictví. Přírodní podmínky Třeboňské pánve umožňovaly rozsáhlé zakládání rybníků, a tím posílení hospodářství celé oblasti. Nová éra budování a rozkvětu nastala postavením Jakuba Krčína z Jelčan do čela všeho rožmberského podnikání. Krčínovy hospodářské reformy se projevily v Třeboni i v jejím nejbližším okolí. Od roku 1602 se Třeboň stala dokonce hlavním sídlem Rožmberků, tehdy nejmocnějšího jihočeského rodu. Po smrti posledního Rožmberka Petra Voka v roce 1611 přešlo panství i město dědictvím do rukou Švamberků, kteří je ztratili pro účast ve stavovském povstání proti Habsburkům. Celé panství jim bylo konfiskováno a Třeboň byla v letech 1622-1660 v držení panovnického rodu Habsburků. V roce 1660 získal třeboňské panství Jan Adolf kníže ze Schwarzenberga jako uznání osobních zásluh. Schwarzenbergové, v jejichž držení zůstala Třeboň až do 20. století, městu přáli. Třeboň se zotavovala z válečných ran a několika zhoubných požárů, které značně narušily tvář města.
K oživení jinak poklidného života zde došlo v polovině 19. století, kdy se Třeboň stala okresním městem. Dalším impulsem k intenzivnějšímu rozkvětu celé oblasti byla výstavba důležitých komunikací, zejména železnice s návazností na Vídeň v roce 1871. Významné změny v životě města nastaly po první světové válce, kdy byl v rámci první pozemkové reformy všechen schwarzenberský hospodářský majetek převeden na stát. Druhá světová válka si i v Třeboni vyžádala své oběti. Po válce proniká i sem první větší průmysl (oděvní závod a zemědělská velkovýroba). Roku 1960 byl zrušen třeboňský politický okres a město obdrželo lázeňský statut.
