Přirozeným centrem města Třeboně je Masarykovo náměstí, obklopené měšťanskými domy s renesančními a barokními štíty. Stejný původní počet 13 domů na obou stranách náměstí napovídá, že místa pro domy byla předem vyměřena. Půdorysnou jednotkou byl středověký dům štítový, pokrytý sedlovou střechou a otevřený na předním čele v přízemí podloubím. Dva domy na náměstí (čp. 86 a 89) mají ještě gotický základ, ostatní středověké domy byly zničeny při velkém požáru města roku 1562 a poté nově vystavěny v renesančním slohu. Většina domů ještě pozměnila svou podobu při obnově po požárech roku 1723 a 1781.
Nejvýznamnějším objektem na náměstí je stará radnice. Roku 1562 koupila obec dva shořelé sousední domy a dala je po roce 1566 přestavět Vlachem Jakubem Cornbellem na radnici, která při prvním úředním číslování domů roku 1770 obdržela číslo 1. Podloubí nové radnice se otvíralo do náměstí třemi polokruhovými arkádami o mohutných pilířích, kterým nad jediným patrem budovy odpovídaly tři štíty. S přispěním císaře Ferdinanda III. byla k radnici roku 1638 přistavěna masivní čtyřboká, 31 metrů vysoká čtyřetážová věž s ochozem, hodinami a cibulovitou střechou s lucernou. Věž od té doby tvořila vedle kostelní věže druhou dominantu města. Roku 1742 bylo průčelí budovy ozdobeno freskami s rožmberským, schwarzenberským a městským znakem. Při přestavbě roku 1819 byl radniční dům zvýšen o druhé patro.
Na horní straně náměstí, vlevo od brány do zámku, je tzv. Ruthardovský dům, původní městská radnice. V jeho přízemí býval městský pivovar. Po vybudování nové radnice byl Ruthardovský dům připojen k zámku. Blízké domy čp. 106 a 107 jsou v současnosti hotelem Zlatá hvězda. Dům čp. 107 má obnovené podloubí o pěti polích a zdobené křížové či valené klenby při hlavním průčelí i v zadním křídle a v místnostech po stranách. Oba domy byly završeny třemi novobarokními štíty.
Z domů na opačné straně náměstí vyniká hotel „Bílý koníček“, který je současně jedním z prvních dokladů renesančního slohu ve městě. Jeho existence je doložena již v roce 1544 – tento letopočet je vytesán na pilíři jeho podloubí.
Jednopatrový dům má v přízemí tři půlkruhové arkády loubí, které až do 19. století probíhalo kolem celého náměstí. Pozoruhodná je však především architektura jeho čtyřpatrového štítu nad korunní římsou, který je vodorovně rozdělen profilovanými římsami a svisle sedmi válcovými útvary malých baštiček. „Pevnostní“ charakter dodává štítu i cimbuří, které probíhá po vrcholu, a klíčové střílny.
STAVEBNÍ VÝVOJ ZÁMKU
Pozoruhodným domem uprostřed severní strany náměstí je rovněž čp. 89 s dosud zachovanými gotickými prvky a renesančními klenbami v přízemí.V tomto domě původně žil Štěpánek Netolický. Po požáru města v roce 1562 byl dům přestavěn, přesto je ve srovnání s ostatními měšťanskými domy přestavbami nejméně dotčen. Klenby jeho místností jsou bohatě zdobeny hřebínkovou sítí. Horní síň, zaklenutá na střední pilíř, je v lunetách zdobena malovanými medailony a mytologickými motivy. Historické hodnotě a kráse domu neubližuje jeho současná funkce, kdy slouží jako obřadní síň města Třeboně.
Východní stranu náměstí uzavírá Hradecká brána, jejíž jádro pochází z let 1525 – 1527, kdy se brána stala součástí zdokonaleného městského opevnění.
Uprostřed náměstí stojí renesanční kamenná kašna, dílo kameníka Jordana. Byla zasazena do náměstí v roce 1569 a její desetiboká žulová nádrž byla přizdobena kruhovými reliéfy antických hlav. V roce 1609 nechala obec doprostřed kašny postavit ozdobný renesanční sloup s prstencem, jehož maskarony chrlí vodu. Sloup je završen obeliskem, na kterém jsou vytesány iniciály CH, snad kameníka Hanse Colfingera.
Vedle kašny stojí barokní Mariánský sloup, který je dílem českobudějovického kameníka Leopolda Hubera. Na náklady měšťanů Jana a Alžběty Pilsových byla roku 1780 zhotovena socha Panny Marie na štíhlém jehlanu, jenž spočívá na masivním trojbokém podstavci se sochami sv. Josefa, sv. Vojtěcha a sv. Alžběty. Některé prvky sousoší náležejí ke klasicismu.
Naproti radnici ústí do náměstí Husova ulice, jedna ze dvou okružních ulic, které se napojovaly na hlavní komunikaci a usnadňovaly přístup k zadním hospodářským traktům úzkých domovních parcel na náměstí. Domy v této ulici nebyly tak honosné jako na náměstí a navíc mnohé utrpěly nevhodnými přestavbami. Rozšíření Husovy ulice na východní straně kostela sv. Jiljí je pozůstatkem někdejšího hřbitova, zrušeného za vlády Josefa II. a přeneseného ke kostelíku sv. Alžběty na okraj města. Proti klášterní bráně ústí do Husovy ulice Březanova ulice, která si zachovala do současnosti svůj historický ráz.
Nejpozoruhodnějším domem v této ulici je čp. 118, jednoposchoďová trojkřídlá budova lékárny. Tento renesanční dům se sgrafitovou fasádou dal vystavět Petr Vok z Rožmberka na místě dvou měšťanských domů pro uložení rodinné knihovny, obrazárny a archivu. Stavěl jej v letech 1605-1606 Dominik Cometa, řezané dřevěné stropy zhotovil řezbář Dechsner a malířskou výzdobu Tomáš Třebechovský. V přízemí bydlel rožmberský archivář a historik Václav Březan, jemuž byla na budově zasazena v roce 1903 pamětní deska. Mezi měšťanskými domy v Březanově ulici vyniká barokní dům č.p.8, s gotickým ostěním v přízemí a na štítu s bohatou freskou svaté Trojice.
Východní zámeckou branou lze projít do Krčínovy ulice, v níž si můžeme prohlédnout například dům č. 49 vystavěný mezi lety 1565 a 1570. Tento jednoposchoďový dům s valbovou střechou a tříosým průčelím má intaktně zachovanou raně renesanční dispozici s mázhausem. V prvním patře je černá kuchyně. Průčelí a vrata hlavního vstupu jsou upraveny klasicistně.
Krčínova ulice ústí do Žižkova náměstí (foto vpravo), jehož jižní stranu uzavírá Svinenská brána (foto1 – foto2 – foto3) s obloučkovými štíty a sgrafitovou výzdobou severního průčelí, na kterém je mezi okny prvního patra osazena soška svatého Floriána. Psaníčkovými sgrafity je pokryta i valená klenba průjezdu. Komunikace procházející branou ven z města ústí při vnějším pásmu městského opevnění do druhé brány – brány Novohradské (foto1 – foto2), vybudované v 1. polovině 16. století. Vjezdy brány podržují opět tvar gotického lomeného oblouku, přístup k ní je z obou stran omezen hradební zdí. Na západním okraji historického centra se prochází nebo projíždí Budějovickou branou (foto1 – foto2), vystavěnou v letech 1605 – 1611 podle návrhu Dominika Comety a Jana Lukana náhradou za zazděnou Břilickou bránu vedle zámku. V roce 1819 byla přestavěna a nedlouho poté byl odbourán sloupový portik na vnější straně brány.
Při jižní straně centra města se nachází areál třeboňského pivovaru s honosnými budovami, pocházejícími většinou z druhé poloviny 19. století. Průčelí pivovaru tvoří východní stranu Trocnovského náměstí. V těchto místech nechal Petr Vok z Rožmberka vystavět v letech 1606 – 1608 zbrojnici. V letech 1699-1712 byla zbrojnice přestavěna na panský pivovar podle projektu schwarzenberského stavitele Jakuba de Maggi a za dozoru a spolupráce jeho syna Jana a posléze Pavla Ignáce Bayera, nového knížecího stavitele. Postupem doby však pivovar přestával stačit poptávce po svém produktu, takže jej majitelé opakovaně rozšiřovali do nynější velikosti a podoby. Pivo Regent se vaří tradiční technologií, k výrobě se používá výhradně přírodních surovin. Na stejné straně jádra města se dochovala do dnešní doby část městských hradeb (viz foto) i s několika opěrnými baštami. Prohlédnout si je lze dobře z hráze rybníka Svět.